山东第二医科大学附属医院前身是山东生产建设兵团二师医院，1975年改为昌潍医学院附属医院，1987年更名为潍坊医学院附属医院，是集教学、医疗、科研、预防和保健等功能于一体的综合性三级甲等医院，是山东第二医科大学直属附属医院。
医院现有院本部、浮烟山院区和胜利街院区三个院区，建筑面积20余万平方米。医院现有职工2533人，高级职称 503人，博士127人，享受国务院特殊津贴专家、泰山学者（青年专家）、山东省有突出贡献中青年专家、齐鲁卫生与健康领军（杰青）人才、山东省名（ 老）中医药专家等25人。医院为社会输送了一大批优秀医学及相关专业人才，在我院工作过 25年的中国工程院谢立信院士、在我院学习毕业的优秀学子于金明院士等是最杰出的代表。
医院有临床科室、医技科室76个，获批山东省临床精品特色专科、山东省临床重点专科、山东省中医药临床重点专科、省级孕产期保健特色专科12 个，首批山东省医药卫生重点学科、山东省中医药重点学科4个，首批山东省医药卫生重点实验室、山东省高等学校实验室、山东省高等学校特色实验室、山东省高等学校国际合作联合实验室4个，山东省高等学校工程研究中心1个，山东省临床医学研究中心分中心4个。于金明院士唯一院士工作站设在我院。内分泌代谢疾病科、神经内一科、神经内二科、肿瘤内科、心血管内科是潍坊市鸢都学者设岗学科。
医院是国家级生殖医学技术基地、全科医生规范化培养基地、住院医师规范化培训基地、国家“高级卒中中心”正式单位，教育部、卫健委卓越医师培养改革项目单位，国家执业医师实践技能考试基地，国家药物临床试验机构，全国综合医院中医药工作示范单位等。
医院拥有世界先进的 GE3.0T 超导型磁共振、瓦里安 VitalBeam 智能加速器、飞利浦UNIQFD20 大平板血管造影机、全飞秒准分子激光治疗仪等大型医疗设备1000 余台（套）， 为疾病的准确诊治提供了技术保障。
2020年4月，附属医院与临床医学院合署。临床医学专业现为国家级一流本科专业、国家级特色专业、山东省一流本科专业、山东省高校本科特色专业，教育部、国家卫生健康委卓越医师培养改革试点项目专业，省特色名校重点建设专业、省应用型人才专业发展支持计划专业、省高水平应用型重点立项建设专业、省教育服务新旧动能转换专业对接产业项目核心专业。眼视光学专业为省级一流本科专业。2022年获山东省临床医学专业学位博士点精准培育学科，目前临床医学学科已进入 ESI 全球排名前 5‰。学生曾连续三届获全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛二等奖、华东区一等奖；2022 年以第一名荣获山东省大学生医学技术技能竞赛特等奖、高校金奖。近年来本科生考研过线率保持在65%以上。
近年来，医院秉承“救死扶伤、防病治病、以人民健康为中心，促进医学事业发展”的宗旨，牢记“仁心妙术 佑民济世”的院训，努力对标国内省内先进水平，聚焦“建设省内一流的现代化附属医院”，围绕“1189”发展思路，大力实施“树名医、创名科、建名院” 战略，以“三甲医院”复审、公立医院绩效考核、升格医科大学、增列博士学位授权点等重点工作为抓手，充分发挥大学附属医院的人才和技术优势，不断加强科学管理和内涵建设， 保障医疗质量和医疗安全，提升教学科研与创新能力，优化服务模式与就医环境，医院各项事业取得长足进步，综合实力和社会影响力稳步提升。
医院被授予全国卫生系统先进集体、山东省人才工作先进单位、全省卫生计生系统先进集体、省卫计委改善医疗服务先进典型、省卫计系统安全生产先进单位、国家卫生计生委脑卒中筛查与防治基地、爱婴医院、PAC 优质服务医院等荣誉称号。先后有60余人次荣获全国先进工作者、全国五一劳动奖章、全国三八红旗手、全国卫生系统先进工作者、全国五好家庭、全国抗疫最美家庭、山东省五一劳动奖章、山东好人等国家、省、市级荣誉表彰。
山东第二医科大学附属医院是国家卫生健康委公布的山东省首批住院医师规范化培训基地之一，按照国家“两个同等对待”政策，面向社会招收的住院医师如为普通高校应届毕业生的，其住培合格当年在医疗卫生机构就业，按当年应届毕业生同等对待；经住培合格的本科学历临床医师，按临床医学、口腔医学、中医专业学位硕士专业学位研究生同等对待。